Las emisiones procedentes de los buques, las operaciones portuarias y el tráfico terrestre relacionado representan un grave problema de salud ambiental en los puertos. Muchas operaciones portuarias generan emisiones, pero muchas veces los puertos también están rodeados de otras fuentes de emisiones importantes, como instalaciones industriales o carreteras con mucho tráfico. Además, el 90% de los puertos europeos están cerca de zonas urbanas densamente pobladas. A menudo, el verdadero origen de los contaminantes es difícil de identificar, sobre todo porque las condiciones meteorológicas variables influyen en la dispersión de la contaminación.