Les emissions de vaixells, les operacions portuàries i el trànsit terrestre relacionat representen un greu problema de salut ambiental als ports. Moltes operacions portuàries generen emissions, però moltes vegades els ports també estan envoltats d’altres fonts importants d’emissions, com ara instal·lacions industrials o carreteres transitades. A més, el 90% dels ports d’Europa es troben a prop de zones urbanes densament poblades. Sovint és difícil identificar el veritable origen de l’aire contaminat, sobretot amb les diferents condicions meteorològiques que afecten la dispersió de la contaminació.